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バイオの分野ではクロロフィルやカロテノイド、生物医学の分野では悪性腫瘍などの蛍光診断、また環境分野での環境ホルモンといった蛍光測定が様々な場合において重要となります。
通常の場合、蛍光測定においては高感度の分光器（Avaspec-2048TEC インテグレーションタイム>5s）が最適です。
AvaSoft-OXY アプリケーションソフトウェアはセンサーの校正及び酸素濃度モニターの両方において使用されます。 ほとんどの場合の蛍光に関して、放射される蛍光エネルギーは励起光のエネルギーの３％に過ぎません。 励起エネルギーと比較した場合、蛍光の光よりも低いエネルギー（波長はより高い）で、たいていが錯乱光（全方位へ放射）です。 このことをふまえ分光器をセットアップする際に一番重要なことは励起光を妨げないようにすることです。
下記の手法もあります。
1. 蛍光の波長域においてエネルギーのないAvaLight-LED光源を使用します。
2. 高出力・狭領域励起AvaLight-HALハロゲン光源にバンドパスフィルターまたはローパスフィルタを使用します。
3. 励起光と蛍光の光路が90°に直交していることを確認。オプション CUV-UV/VIS-FLまたはCUV-DAを使用すれば受光ファイバーに励起光が入射しません。
4. 励起光と分光器の積分開始を切り離すため蛍光の減衰時間を使用します。 これにはパルスレーザーやAvaLight-XE キセノンフラッシュ光源のようなパルス発光光源と組み合わせ積分開始のディレイタイムを設定することの出来る AvaSpec-2048FTハイスピードトリガー分光器を使用します。
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